A Bandeira de Armazém é o símbolo maior do município, foi criada junto com o brasão em 1971, na sua composição o Brasão ocupa o centro sobre três faixas longitudinais nas cores:
Vermelha – representando a luta e trabalho, inspirado na bandeira do Estado de Santa Catarina;
Verde – representando a vegetação abundante e o
Amarelo – representando a riqueza do município, inspirado na bandeira do brasil.
A idealização e a confecção da bandeira foi organizada pelos senhores: Orlando Michels, Rodolfo Pedro Felisbino e Maria de Lurdes Wensing Steiner.